يهتم القسم بإجراء الدراسات والبحوث وتطبيقاتها في مجال حماية ووقاية الموارد النباتية من الأمراض والآفات الاقتصادية وحماية البيئات الزراعية والمناطق المستصلحة من التلوث بالمبيدات الكيميائية والتنبؤ بوضع وانتشار ومخاطر الأمراض والآفات المختلفة في المناطق الزراعية ويتبع القسم خمسة وحدات متخصصة هي (وحدة المبيدات - وحدة الحشرات - وحدة النيماتودا - وحدة أمراض النبات - وحدة والآفات الحيوانية).
يهدف القسم إلى إجراء الدراسات والبحوث التالية:
تنفيذ دراسات بيولوجية، بيئية، تصنيفية، وفسيولوجية على أهم الآفات الزراعية التي تصيب المحاصيل الزراعية ومنتجاتها سواء في الحقل أو المخزن.
عمل دراسات تهدف للتنبؤ بمواعيد الإصابة وتحديد الوقت الأمثل لإجراء المكافحة.
مشاركة الجهات المركزية لمكافحة الآفات في رسم خطة مكافحة الآفات.
تحديد نوع وكمية المبيد المناسبة لمكافحة كل آفة وتقديم التوصية بذلك.
تصميم خطط بحثية تتعلق باستخدام الأعداء الحيوية كأسلوب آمن لمكافحة الآفات.
المساهمة في الحجر الزراعي بهدف حماية الوطن ومنع دخول أي آفات جديدة.
إصدار نشرات إرشادية للمزارعين وللمتخصصين في المجال الزراعي وذلك بهدف مساعدتهم في تعريف الآفات ومعرفة أنسب الوسائل لمكافحتها.
إجراء دراسات على الحدود الاقتصادية للضرر (تحمل ضرر الآفة – الحد الاقتصادي الحرج – مستوي الضرر الاقتصادي) لأهم الآفات الزراعية.
إجراء الدراسات على الأعداء الطبيعية ( طفيليات – مفترسات – مسببات مرضية) للآفات الزراعية وتعضيد دورها في المكافحة الحيوية.
استخدام النيماتودا الممرضة للحشرات في مجال مكافحة الآفات.
إجراء دراسات علي دور الحشرات الثاقبة الماصة في نقل المسببات المرضية النباتية.
إجراء دراسات بيولوجية وإيكولوجية علي أهم القوارض المنتشرة وتقدير الخسارة الناجمة عنها وكيفية مكافحتها.
إجراء دراسات علي الانزيمات الحشرية واستخدامها في مكافحة الحشرات.
استخدام تقنيات البيولوجيا الجزيئية والنانو تكنولوجي في مجال وقاية النبات.
استخدام البدائل الحديثة للمبيدات الكيميائية في مكافحة الآفات الزراعية.
إجراء دراسات علي أمراض النحل وكيفية مكافحتها.
إجراء دراسات علي بعض منتجات نحل العسل والتعرف علي الخصائص الطبيعية والعلاجية.
استخدام الاتجاهات الحديثة ( المستخلصات النباتية – المبيدات الحيوية ) في مكافحة الآفات.
تقييم فعالية مبيدات الحشائش علي المحاصيل المختلفة ودراسة السمية النباتية.
تقييم فعالية المبيدات الفطرية علي المحاصيل المختلفة.